همچنان كه در ابتداى بحث دادگاهها اشاره شد دادگاه‏هاى اختصاصى دادگاههايى هستند كه به اعتبار ماهيت و نوع دعوا يا به اعتبار افراد و طرفين دعوا تشكيل مى‏گردند و عبارتند از:
دادگاههاى نظامى
مجموعه دادگاهها و دادسراهاى نظامى تحت عنوان كلى سازمان قضايى نيروهاى مسلح ناميده مى‏شوند.
دادگاه انقلاب
دادگاههاى انقلاب از جمله مراجع اختصاصى است كه بنا به مقتضيات انقلاب در سال 1358 شكل گرفت و امروزه صلاحيت آن محدود به رسيدگى به موارد زير است:
  1- كليه‏ى جرايم عليه امنيت داخلى و خارجى و محاربه يا افساد فى الارض
  2- توهين به مقام بنيانگذار جمهورى اسلامى ايران و مقام معظم رهبرى
  3- توطئه عليه جمهورى اسلامى ايران يا اقدام مسلحانه و ترور و تخريب مؤسسات به منظور مقابله با نظام
  4- جاسوسى به نفع اجانب
  5- كليه‏ى جرايم مربوط به مواد مخدر
  6- دعاوى مربوط به اصل 49 قانون اساسى
دادگاه ويژه روحانيت
جايگاه خاص نهاد روحانيت در ايران و پايگاه معنوى اين نهاد در جامعه باعث مى‏گردد براى رسيدگى به تخلفات افراد روحانى، دادگاه خاصى تشكيل گردد و قضات آن از افراد روحانى انتخاب شوند تا ضمن آشنايى بيشتر آنها با مسايل اشخاص روحانى، رسيدگى و اتخاذ تصميم به گونه‏اى باشد كه ضمن مجازات افراد خاطى، شأن روحانيت در جامعه دچار آسيب نگردد.
انتخاب رييس دادگاه ويژه روحانيت نيز با مقام معظم رهبرى است.
دادگاه انتظامى قضات
قضات نيز همانند ديگر افراد جامعه ممكن است مرتكب تخلفاتى شوند در اين گونه موارد، دادگاه خاص وجود دارد كه تحت عنوان دادگاه انتظامى قضات به تخلفات آنها رسيدگى مى‏نمايد.
اصل 168 قانون اساسى:
به جرايم سياسى و جرايم مطبوعاتى در دادگاههاى عمومى رسيدگى مى‏شود و دادگاه خاصى براى آنها در نظر گرفته نشده است اما به دليل اين كه جرايم سياسى يا مطبوعاتى در مقايسه با جرايم عادى، از ويژگيهاى متفاوتى برخوردارند براى رسيدگى به آنها حضور هيأت منصفه و علنى بودن جلسه دادگاه ضرورى است.
آيت اله هاشمى شاهرودى:
ايجاد امنيت عمومى براى تك تك افراد ؛ ايجاد امنيت ملى در مسايلى كه بر عليه امنيت ملى است و ايجاد امنيت دينى و امنيت ارزشهاى اسلامى و حفظ ارزشها و احكام الهى و اسلامى بر عهده دستگاه قضايى است.